La mayoría de los bosques se localizan en el noreste del estado y cubren cerca de 6.4% del estado Esta área es la que tiene la temperatura más fría. La deforestación es un problema significativo, en especial después de 1980, debido al incremento en la tasa de corte de árboles. Muchos árboles de mezquite también han desaparecido por la demanda de combustibles locales y el mercado del carbón de mezquite en México y los EUA.
La mayor parte del norte de México sufre de una de las tasas de desertificación más altas del mundo debido a la degradación de la tierra en las áreas áridas y semi-áridas, lo que conlleva la pérdida de la productividad biológica y económica, pero el proceso es más grave en Sonora que en Sinaloa, por ejemplo. La degradación de la tierra ocurre por la limpieza de tierra para la agricultura, la plantación de pasto no nativo de la región para pastar, la tala de bosques, el sobre-consumo de vegetación natural y la salinización de suelo por la irrigación.
La fauna de Sonora es rica y variada, pudiéndose contar como animales principales los siguientes, agrupados por especies:
- Mamíferos: ardilla, borrego cimarrón, borrego salvaje, cabra montesa, cacomixtle, codorniz, conejo, coyote, cuyo, gato montés, jabalí, jaguar, liebre, lobo, musaraña (Soriciade), ocelote, onza, oso negro, pecarí de collar (Tayassuidae), puma, rata canguro, tejón, tigrillo, venado de cola blanca, venado bura, zorra y zorrillo.
- Aves: agachona, aguilucho, alondra, alcatraz, búho, chachalaca, correcaminos, gallardeto, gallina de agua, ganga, garzo, gavilán, gaviota, halcón, huilota, huitlacoche, pájaro mosca, quelele, saltapared, tecolote, tórtolo.
- Peces: carpa, pez dorado, pez vela, tilapia.
- Reptiles: boa, camaleón, coralillo, iguana, lagarto, sapo, serpiente de cascabel, serpiente real, tortuga.
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